Adamos

Редактирование PDF - тема тухлая, формат этого не предусматривает.
Конкретно манипуляции со страницами PDF я в Убунте делаю утилитой pdfjam.
Банально

pdfjam "документ.pdf" 'номер страницы' "другой документ.pdf" 'номер страницы' -o "выходной документ.pdf"

Астра - это перекрашенный Дебиан, пакет pdfjam в ней есть.

MIME можно дополнить расширением.
Астра - это Дебиан, соответственно, гуглим "debian mime add extension".
Получаем, что нужно добавить строчку с glob pattern.
Вот так, например, у меня для своей программы выделяются именно .EPS-файлы (это кусок из скрипта первичной настройки новой рабочей станции):

cat << EOF > ~/.local/share/mime/packages/application-x-epos.xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<mime-info xmlns="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info">
    <mime-type type="application/x-epos">
        <comment>EPS file</comment>
        <icon name="application-x-epos"/>
        <glob-deleteall/>
        <glob pattern="*.eps"/>
    </mime-type>
</mime-info>
EOF
update-mime-database ~/.local/share/mime