Нашел ответ на свой вопрос.
В таком случае будет выгоднее использовать сервис 2can, с которым как раз и заключен договор у Яндекса. Используя его и % будут меньше, и максимальная сумма заказа в разы выше (у Яндекса почему-то всего 15к, как перевести платеж, если ты продал холодильник за 40к!?) и многое другое.
Если кому интересно, то вот API по работе с 2can.касса.
Суть в том, чтобы с нашего приложения передать сумму и назначение платежа, произвести оплату на стороне их кассы, и в конце вернуть управление нашему приложению.