Помимо того что уже сказали, есть еще такой вид деревьев как AST, используется для описания синтаксиса. Почти во всех языках программирования, шаблонизациях используется для компиляции и интерпретации кода.
Так же есть алгоритм
Nested Sets для хранения древовидных структур в базе данных, например категории чего-либо
