Absolut_g

Линукс может быть установлен на обоих дисках. Ничто не мешает монтировать разные разделы на разных дисках в разные пути, используемые системой, в т.ч. на этапе установки ОС. Тут вам не винда.
df покажет какие разделы на каких дисках куда примонтированы.
Так же надо посмотреть в БИОС с какого диска загружается ОС - там установлен загрузчик (скорее всего grub).

Можете клонировать содержимое старого диска на новый и после этого заменить диски. Затем создадите на новом диске новый раздел на свободном пространстве и куда-нибудь примонтируете его. Клонировать можно из того же линукса, прицепив новый диск третьим и используя dd для побайтного клонирования.

Вам помогут разобраться три команды
1) mount
2) parted -l
3) df -h

Самое простое - физически отключить интересующий диск, и посмотреть работоспособность системы. Если без этого диска система не работает - вы это сразу увидите.

Какие диски куда монтируются - можно увидеть в выводе команды mount, там на первом месте стоит имя физического диска: /dev/sda on / type ext3 (rw,noatime), после on написан путь, куда он примонтирован.

Можно скопировать содержимое старого диска на новый диск. Удобно командой dd, и нужно параметры указывать.

информацию можно посмотреть через lsblk где вывод дополнить VENDOR и MODEL для лучшей идентификации нужного диска

lsblk -po "NAME,SIZE,TYPE,TRAN,MOUNTPOINTS,VENDOR,MODEL"

смотрим имя раздела где в MOUNTPOINTS примонтирован корень(/) системы, а зная раздел можно увидеть и диск которому он принадлежит

имя раздела(в /dev/...) куда примонтирован корень системы можно еще посмотреть командой
findmnt -o SOURCE -n /