Вот вам вариант
Идея заключается в: сделать бэкап архив, разместить файл бэкапа таким образом чтобы получить доступ из вне по url - 'site.com/backup.zip' и отправить очередь на яндек.диск и ваш файл сам загрузится без вашей помощи.
https://github.com/jack-theripper/yandex// cron_run.php
$disk = new Arhitector\Yandex\Disk('OAuth-токен');
$resource = $disk->getResource('app:/backups/'.date('d_m_Y_H_i_s').'.zip'); // имя архива
$operation = $resource->upload('http://site.com/backup.zip'); // Яндекс.диск сам загрузит ваш файл
$identifier = $operation->getIdentifier(); // просто так
// $operation->isSuccess(); //true если загружено
var_dump($identifier, $operation->getStatus());