1. Архивируете папку с файлами в ZIP/TAR+GZIP.
2. Устанавливаете на хосте пакет lrzsz.
3. Входите на хост по SSH в SSH-клиенте, поддерживающем передачу файлов через xmodem/ymodem/zmodem.
4. Для передачи по протоколу zmodem даёте команду rz - должно появится окно выбора файла для передачи - выбираете - ждёте окончания передачи... Потом конечно раз-архивируете, копируете куда надо, назначаете владельца и права доступа, и т.д.
5. Вроде-бы PROFIT!