Как расчитывается себестоимость партии при списании со склада, определяется прежде всего учетной политикой.
LIFO, FIFO, средняя.
Исходя из применяемой методики используется нужный алгоритм.
В целях оптимизации расчетов и снижения нагрузки на базы данных при оперативном учете используют специальную фиксированную цену, по которой происходит списание, а в конце периода регламентным документом стоимость списания в каждом документе корректируется до реальной.
Также у 1С есть хрень, которая называется Расширенная Аналитика Учета затрат, использующая численное решение СЛАУ для решения этой задачи.