Может у кого возникнет такая же проблема, у меня это решилось следующим способом:
Грузимся с LiveCD
mount /dev/sda /mnt
mount --bind /dev /mnt/dev
mount --bind /sys /mnt/sys
mount --bind /proc /mnt/proc
chroot /mnt
cd /boot/grub
touch device.map
echo "(hd0) /dev/sda" > device.map
apt-get install grub2
exit
reboot
Естественно не забываем про sudo. Правда при установке GRUB сругнулся, что не хорошо ставить его на диск без раздела.