вообщем есть такое решение, которое позволяет подставлять rustflags в зависимости от profile:
https://github.com/rust-lang/cargo/pull/10217
в целом можно выкрутиться с таким решением, но сейчас оно доступно только для nightly сборки. опять тупик какой-то
я сделал костыль: удалил config.toml и создал от него два конфига - один для сборки с rustflags, а другой для тестов без них. затем написал shell скрипт, который в зависимости от сборки или тестирования копирует нужный конфиг в виде файла config.toml, а сам config.toml занес в .gitignore
пока живу с таким решением, в целом все это печально