Запросы висят в очереди: waiting in InnoDB queue. Это означает, что они ждут, когда
InnoDB освободится от работы с другими запросами (которые работают и не ждут).
Количество одновременно работающих в InnoDB запросов настраивается параметром
innodb_thread_concurrency. Но сильно повышать этот параметр не стоит — снизите
общую производительность системы, а проблему не решите. Надо смотреть, что за
запросы работают, и что с ними делать.