Спасибо за совет, но параметры командной строки я получаю с помощью config.getoption("env").
Проблема заключается именно в передаче параметров в декоратор @pytest.mark.parametrize("code, dbf_data", file_data()).
Тесты запускаются с параметрами, указанными по умолчанию (file_data()), не зависимо от значения в командной строке. А должны запускаться с переданными из хук-функции pytest_collection_modifyitems, где параметризация осуществляется с помощью item.add_marker(pytest.mark.parametrize("code, dbf_data", data))