A1eksandr

Переносы строк появились скорее всего из-за того что вы из добавили в какой-нибудь подключаемый php файл до <?php или после ?> например в контроллере. По поводу twig не подскажу ибо не использую.

сделайте логирование всех входных данных(post, get, server, headers) которые приходят в контроллер. В yii2 для этих целей я переопределял метод

public function beforeAction($action){
}

Может быть в вашем случае дело не доходит даже до контроллера и по какой-либо причине блокируется на уровне web сервера, разбирайтесь поэтапно.

Как удобнее так и делайте, в принципе любой вариант допустим.
С точки зрения MVC и поддержки лучше все же использовать модель.

$pages = Pages::find()->asArray()
    ->all();

Еще лучше использовать дополнительные наборы через class PagesQuery extends \yii\db\ActiveQuery
что-то типа такого

$pages = Pages::find()->forMenu()->asArray() 
    ->all();

Знаю человека который не понимает принципов MVC кодит на yii , создавая не поддерживаемый и ужасный код. Но так делать не нужно, нужно изучить php, принципы MVC, а потом уже пытаться что-то делать.

1)
htaccess в папке WEB.

# Mod_Autoindex

RewriteEngine On

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^(.*)?$ index.php

В конфиге:
'request' => [
'baseUrl' => ''
],

возможно нужно будет перенастроить маршруты в зависимости от того что сейчас прописано

2) Второй вариант, можно указать в настройках виртуального хоста apache DocumentRoot /web/ тогда больше ничего делать не нужно

роли в yii2 условные, доступ проверяется через доступность действий user->can('manager') - manager условно это действие с флагом о том что это действие является ролью.
При правильно-реализованном RBAC должна срабатывать например такая проверка Yii::$app->user->can('manager') в коде.

Так же по ролям можно фильтровать действия в контроллере через accessRules()