И действительно, я пытался восстановить из командной строки в которую можно зайти без загрузки Windows и диска с дистрибутивом. По этому я накатил образ Windows 8.1 на флешку, запустил командную строку с установочного дистрибутива и попытался восстановить загрузочный сектор.
bootrec /fixmbr
Успешно
bootrec /fixboot
После fixboot почему то написал "элемент не найден"
bootrec /scanos
scanos увидел установленную винду это внушало оптимизм
bootrec /rebuildbcd
а вот rebuildbcd хоть винду и видил, но почему то отказался её восстановить...
В итоге выключил компьютер, отключил второй жесткий диск(на нем точно не было ни какой OS установлено) и после этого попробовал заново.
Все команды отработали как надо и винда без проблем загрузилась.