Большой и сложный бинарник вы так не встроите. Максимум, отдельные функции.
Для винды можно ваш второй файл сделать в виде dll и выпоннять код во время ее загрузки. Чуть подправить исполняемый файл или вообще просто положить dll-ку рядом с exe-шником - и библиотека загрузится.
Или можно найти пустое место в целевом файле в секции кода. Воткнуть туда вашу функцию и поменять точку входа на нее (а сама функция потом прыгает на изначальную точку входа). Если места нет, то придется увеличивать секцию кода.
В этом случае, надо изучить устройство PE файла, понимать немного ассемблера.
