Если я не ошибаюсь, то это происходит из-за того, что .container меньше по ширине (910px), чем #headline (960px) и .wrapper (966px).
Разберитесь с шириной и позиционированием (зачем там relative?).
Должно помочь.
А еще неплохо было бы избавиться от таблицы раз уж у вас верстка дивами ;)
И еще: прописывать стили в .html - дурной тон)
И еще еще: зачем вы подключаете jQuery дважды? Причем разные версии.
И достаточно подключить bootstrap.min.css.
Min - минифицированная версия. Меньший объем достигается за счет удаления переноса строк и пробелов. Код тот же.
