1. а это именно ваш скрипт? Скрипт только в /etc/init.d/? тогда ещё команда требуется update-rc.d имяскрипта defaults 80 чтобы создались симлинки в /etc/rc?.d
2. при ручной проверке вы стартуете скрипт от имени root? если нет — может окружение не настроено, попробуйте sudo -H -u ИмяюзераИзподКоторого работает
3. посмотрите — какие есть ошибки от этого скрипта.
