3vi1_0n3

Зависит от того, какие скорости у вас в узких местах.
При прочих равных, ИМХО, первый вариант более жизнеспособен, уровней абстракции меньше.
Хранилище отдает таргет, который работает как блочное устройство. Если вы отдаете его по iSCSI ESX'у, а потом там создаете виртуальный диск, то Изменения будут проходит два уровня — уровень абстракции диска виртуалки и уровень абстракции подключения хранилища к ESX. Если напрямую средствами Windows, то только один уровень, передача сигналов SCSI через сеть таргету.
Но вообще я бы протестировал и то, и то, и замерил бы таймауты операций. Есть вероятность, что разница будет не сильно заметная.

По опыту использования iSCSI могу сказать, что так, как вы хотите, не получится. Это будет выглядеть примерно так, как если бы вы дата-кабель от SATA-диска раздали на несколько машин одновременно в параллель. Возможно, кластерные файловые системы при таком варианте и будут работать, я пока реального примера не видел. Поэтому, как сказали выше, лучше использовать сетевую шару.
По производительности. iSCSI-target — это блочное устройство, на котором вы будете создавать файловую систему, работающую поверх этого блочного устройства. Возможно, что сильной разницы с SMB вы не заметите.