Зависит от того, какие скорости у вас в узких местах.
При прочих равных, ИМХО, первый вариант более жизнеспособен, уровней абстракции меньше.
Хранилище отдает таргет, который работает как блочное устройство. Если вы отдаете его по iSCSI ESX'у, а потом там создаете виртуальный диск, то Изменения будут проходит два уровня — уровень абстракции диска виртуалки и уровень абстракции подключения хранилища к ESX. Если напрямую средствами Windows, то только один уровень, передача сигналов SCSI через сеть таргету.
Но вообще я бы протестировал и то, и то, и замерил бы таймауты операций. Есть вероятность, что разница будет не сильно заметная.