Для начала можно обновить до новой версии 10.4
Версия 5.5 уже давно выпущена была.
Если хочется оптимизировать, то это надо делать на запросах, при помощи проверки Slow Queries, EXPLAIN и мониторинга.
Думаю, что стоит опираться на Oracle MySQL + InnoDB (Barracuda file format). Нужно настраивать производительность MySQL исходя из профиля работы приложения.
