1qaz2wsx3edc

А что говорят счетчики производительности на хосте(ах) хостящих 1с?
Много 1с-ок - это разные инстансы платформы опубликованные в разных коллекциях или несколько открытых БД в пределах одной коллекции ?
далее - что происходит на стыке 1с server-sql ? Или у вас файловые БД ?

"Я подозреваю, что remoteapp на одного юзера выделает какой то лимит по памяти и процессору."

c 2008R2 появилась такая фича как fair share
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd560667(v=ws.10).aspx#BKMK_4
https://social.technet.microsoft.com/Forums/window...

"Нужно сделать авторизацию в домене и, чтобы при входе в домен пользователю монтировался этот диск. "

А смысл ? Вы же таким образом заблокируете vhdx - при логоне на терминальный сервер получите temp профиль.

"The simpler way is user profile disks. User profile disks store user and application data on a single virtual disk that is dedicated to one user’s profile. One of the key challenges to pooled virtual desktop deployments is easily maintaining the user settings and data; this is because this information is discarded at logoff when a pooled virtual desktop image is rolled back to its initial state. User profile disks provide an easy way to store the user settings and data on a separate virtual disk that is reattached at logon, so the user data isn’t discarded when the virtual machine rolls back"

blogs.msdn.com/b/rds/archive/2012/11/13/easier-use...