Я могу ошибаться, но во-первых, каждый раз когда вы обновляете документ, создается его новая версия. Это значит, что при добавлении id будет новая версия документа. Из-за частых добавлений, может перестраиваться B+ дерево записей, что может сказываться на перфомансе
Кстати, у вас, я правильно понял, что id обновляется в объектах принадлежащих одному документу? Тоже может быть, что вы раз записав кому-нить id, пытаетесь в цикле обратиться к еще старому документу.