Есть такая штука PythonCE, ее можно скачать например тут:
4pda.ru/forum/index.php?showtopic=107045 Запускается непосредственно под самим WinCE или WinMob
Так же можно с помощью IronPython писать код на компе и собирать под WinMob
ironpython.codeplex.com/workitem/9191