Возможно место заняли локальные снапшоты.
Проверить можно так->
sudo tmutil listlocalsnapshots /
Удалить если есть ->
sudo tmutil deletelocalsnapshots com.apple.TimeMachine.2017-10-12-235937
где (com.apple.TimeMachine.2017-10-12-235937) имя снапота
ну и или отключить ->
sudo tmutil thinLocalSnapshots / 10000000000 4
sudo tmutil disable
p/s/ Занятое место лучше смотреть улиткой вроде DaisyDisk