0xD34F

yAxis: {
  plotLines: [
    {
      color: 'red',
      value: 13,
      width: 5,
      zIndex: 666,
    },
  ],
  ...

this.$set(this.chartOptions.series[0].data, индекс, значение);

https://codesandbox.io/s/for-https-qna-habr-com-q-...

Добавьте ordinal: false в настройки оси X.

Убрать stacking из plotOptions.column. Добавить (туда же) grouping: false.

chart: {
  events: {
    click() {
      this.update({
        yAxis: {
          breaks: новое значение для breaks,
        },
      });
    },
  },
},

jsfiddle.net/oyrv6a1d

Свойства tickPixelInterval, tickPositions. Например.

Вместо того, чтобы создавать отдельные переменные под каждый набор данных, просто обходите массив series с помощью forEach. Надо ли перерисовывать график сразу, как только в какой-либо из наборов данных добавлена новая точка - не уверен. Лично я бы дожидался получения новых данных по всем наборам и только потом делал перерисовку. Конечно, если хотите, перерисовывать можно и при каждом получении новых данных.

Также следует обратить внимание на ваш выбор использовать setInterval для организации постоянного обновления - что если один из запросов займёт сильно больше времени, чем вы ожидаете? Не получится ли так, что более новые данные будут добавлены раньше старых? Возможно, стоит делать так: запрос, по получении ответа - setTimeout на следующий запрос.

Что до

работает, но не всегда корректно <...> точно есть ошибки

- это разговор ни о чём. Информации примерно ноль. Вам следовало рассказать, как проявляется эта некорректность.

plotOptions: {
  line: {
    connectEnds: false
  }
}

Также можно указывать connectEnds в свойствах элементов series - если у вас несколько графиков и вы хотите, чтобы только некоторые из них не имели соединений конечных точек.

Массив объектов { x, y }, где x - угол, y - значение. Типа так.