0xD34F

Что-то вы переусложнили, всё гораздо проще:

if (coord.every((n, i) => n === coordinates[i])) {
  placemark.balloon.open();
}

Но вообще, надо переписывать - у вас там обработчик события clickAddress назначается несколько раз, хотя достаточно и одного (да и в целом - многословно как-то). Например, так:

const placemarks = elem.find('.map-balloonContent').get().map(n => createPlacemark({
  coord: $(n).data('coord'),
  content: $(n).html(),
}));
placemarks.forEach(n => myMap.geoObjects.add(n));
placemarks[0].balloon.open();

elem.on('clickAddress', function(e, coord) {
  placemarks.find(n => n.geometry.getCoordinates().every((m, i) => m === coord[i])).balloon.open();
});

Слушать событие dragend, выполнять обратное геокодирование:

<div>{{ address }}</div>
<div ref="map"></div>

data: () => ({
  coords: [ ... ],
  address: '',
}),
mounted() {
  ymaps.ready(() => {
    const map = new ymaps.Map(this.$refs.map, { ... });

    const marker = new ymaps.Placemark(this.coords, {}, {
      draggable: true,
    });

    marker.events.add('dragend', e => {
      this.coords = e.get('target').geometry.getCoordinates();
    });

    map.geoObjects.add(marker);

    this.$watch('coords', {
      immediate: true,
      handler(coords) {
        ymaps.geocode(coords).then(r => {
          this.address = r.geoObjects.get(0).properties.get('name');
        });
      },
    });
  });
},

У меня пока получается получить только полную строку адреса дома, по которому пользователь кликнул при помощи getAddressLine()
<...>
хотелось бы иметь что-то проще чем парсинг строки с адресом

Э-э-э, а что помешало вам прокрутить страницу с документацией чуть ниже и увидеть там

getPremiseNumber

{String|null} getPremiseNumber()

Возвращает номер здания (включая корпус, владение и прочие дополнительные признаки).

??

Маркерам добавляются идентификаторы - свойство с уникальным значением, а "элементам вне карты" добавляется соответствующий data-атрибут. При клике достаётся значение идентификатора, по значению data-атрибута определяется элемент, которому надо добавить класс. Всё.

var pos = this.getAttribute('data-goto'); 

myMap.panTo(pos, {

data-goto="[59.938531, 30.313497]"

Как подсказывает документация, метод panTo в качестве координат ожидает массив чисел, в то время как вы подсовываете строку.

Поскольку строка представляет собой корректный JSON, который, в свою очередь, представляет собой требуемый массив, то заставить всё работать как надо - дело тривиальное:

this.getAttribute('data-goto') ---> JSON.parse(this.dataset.goto)

Что-то многовато параметров передаёте в конструктор, hintContent и iconContent должны лежать в одном объекте:

const myPlacemark = new ymaps.Placemark([ 59.8755, 30.3955 ], {
  hintContent: '<b>Адрес/метро:</b> Белы Куна 21-Н,  1й этаж/ м.Международная <br> <b>Площадь:</b> 45 м <br> <b>Стоимость:</b> 70 000 р. в мес. + К/У' , 
  iconContent: 'Магазин (нежилой фонд)'
}, {
  preset: 'islands#darkGreenStretchyIcon'
});

А может, всё-таки срабатывает, а кажется что нет потому что балун метку загораживает? - наверняка так и есть. Задайте в опциях балуна смещение (balloonOffset: [ -50, -50 ], например), чтобы увидеть, что находится под ним, убедиться, что метка на месте. Если вдруг нет - воспроизводите свою ситуацию в песочнице, попробуем разобраться.

Нет гарантии, что карта загрузится быстрее, чем вы получите данные для меток (этого и не происходит, почему и возникает ошибка), поэтому выполнять запрос данных следует после того, как карта будет готова к использованию - т.е., в ymaps.ready.

UPD. Вынесено из комментариев:

Я так понял, вы предлагаете код, который находится в функции setMarkers() перенести в initializeYandexMap(), я прав?

Нет, не правы. Подумайте ещё. Предположим, вы так сделали. Что будет, если карта загрузится раньше, чем данные? Вы ничего не увидите, потому что массив coordinates будет пустым в момент выполнения setMarkers.

Ещё раз: выполняйте действия последовательно, а не параллельно - сначала загрузка карты, затем загрузка данных. Это самый простой вариант. Параллельная загрузка организовывается немного посложнее - надо обернуть ymaps.ready в промис, и воспользоваться Promise.all.

Как это может выглядеть - первый вариант, второй (запрос заменён на setTimeout, но думаю суть понятна).

Вы один и тот же круг добавляете несколько раз. А надо для каждого набора координат создавать отдельный.

Так, что ли:

const marker = new ymaps.Placemark([ latitude, longitude ], {}, {
  preset: 'islands#redHomeIcon',
});

map.geoObjects.add(marker);

??

Так?

Обёртке карты задаём overflow: hidden, самому div'у карты задаём высоту. Ну и нелишним будет скрыть элементы управления карты - всё равно нормально ими пользоваться уже не получится, только мешаться будут.

У маршрутов могут случаться события mouseenter и mouseleave. Также у маршрутов есть опция visible. Так что всё просто - цепляем к маршрутам обработчики событий, в которых переключаем visible:

const routes = new ymaps.GeoObjectCollection();
map.geoObjects.add(routes);

routesData.forEach(n => ymaps.route(n).then(route => {
  route.events.add('mouseenter', onMouseEnter.bind(route));
  route.events.add('mouseleave', onMouseLeave);
  routes.add(route);
}));

function onMouseEnter() {
  routes.each(n => n.options.set('visible', n === this));
}

function onMouseLeave() {
  routes.each(n => n.options.set('visible', true));
}

this.points = e.get('target').model.getReferencePoints();

А думали ли вы о том, что при редактировании маршрута массив, которым оперирует карта, может оставаться одним и тем же? - просто элементы добавляются, удаляются, изменяются. Если так (я вот опытным путём установил, что это так для редактирования и удаления точек), тогда в момент сравнения в this.points у вас будет находится текущая версия маршрута, а вовсе не предыдущая. И никаких изменений обнаружить не получится - вы будете сравнивать массив с ним самим. Делайте копию:

this.points = e.get('target').model.getReferencePoints().slice();

Что касается самой функции сравнения, как-то сложно у вас всё выглядит - четыре цикла, зачем? Можно же проще - искать в старом массиве точку, которой нет в новом, искать в новом массиве точку, которой нет в старом. Есть обе точки - значит было выполнено изменение, есть только старая - удаление, есть только новая - добавление. Я бы переписал вашу функцию как-то так, например:

function comparison(newPoints, oldPoints) {
  const
    oldPoint = oldPoints.find(n => !newPoints.includes(n)),
    newPoint = newPoints.find(n => !oldPoints.includes(n));

  if (oldPoint && newPoint) {
    console.log('update', oldPoint, 'to', newPoint);
  } else if (oldPoint) {
    console.log('delete', oldPoint);
  } else if (newPoint) {
    console.log('create', newPoint);
  }
}

UPD. https://codepen.io/anon/pen/EzqVEN?editors=1010

<div id="map" class="black-and-white"></div>

.black-and-white {
  filter: grayscale(100%);
}

document.querySelector('#map').addEventListener('click', function() {
  this.classList.remove('black-and-white');
}, { once: true });

jsfiddle.net/0uays3d7

Вешаете обработчик клика, внутри делаете options.set. Например.

map.setBounds(map.geoObjects.getBounds())

jsfiddle.net/mw52nqrp

Или, если кроме интересующих вас меток на карте есть и другие, загоняете нужные метки в GeoObjectCollection, и getBounds вызываете уже на этой коллекции:

jsfiddle.net/8941pawj

Во-первых - у вас обработчик клика не назначается, вы выполняете find на элементе, который и пытаетесь найти.

Во-вторых - говорите, что карта "при нажатии переезжает к локации", что-то я такого у вас тут вовсе не вижу. Нужно использовать метод setCenter.

В-третьих - каким образом вы собираетесь показывать на карте всплывающие окна меток, если сами метки никак с картой не связаны? Откажитесь от меток, и используйте popup карты (типа так), или всё-таки добавляйте метки на карту (типа так).

Можно. Есть пример соответствующего кода для Яндекс.Карт. Для гугла будет по сути то же самое - обработчик клика на маркере, открытие InfoWindow при получении данных, установка содержимого с помощью метода setContent.

Так, а что нам говорит по этому поводу документация? Есть там в options свойство под названием hideIconOnBalloonOpen - не это ли вы ищите?