Артур

5. Использовать облачное хранилище с уже имеющимся API (Azure, Google, Amazon storage или менее именитые)

Вариант 4 был бы наиболее корректным.
А ftp - самое не то. Как и хранить файлы в базах.

P.S. И ваша десктопная часть должна общаться с серверной, а не с базой напрямую, как реализовано сейчас.

Конечно лучше запускать новое приложение в новом контейнере.

Иногда полезно почитать про паттерны проектирования, вы сейчас используете микросервис, и соотвественно вам нужно еще 1 поднимать в новом контейнере и отдельным git репозиторием. И даже не важно какой язык программирования будет использоваться в этих серивсах.