Имеет ли смысл ограничивать длину varchar?

Петр: но тут вам не стоит забывать что вам важнее, почить во время отладки или компактно хранить, а дописать к запросу hex(`md5`) лично у меня лени не вызывает, тут скорее вопрос личных приоритетов.

Имеет ли смысл ограничивать длину varchar?

Не забываем про BINARY(16) для md5

Как в Yii2 сделать запись в 3 таблицы?

Посмотрите в сторону события aftersave и метода link
www.yiiframework.com/doc-2.0/yii-db-baseactivereco...
www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-db-active-recor...

Mysql - сохранить большое число(10^25) а потом использовать его для вычислений?

Rsa97: Values in VARCHAR columns are variable-length strings. The length can be specified as a value from 0 to 65,535
а не 255