В общем случае никак, т.к. это зависит от конфигурации ftp-демона: многие делают chroot в домашнюю папку юзера, а некоторые вообще виртуализируют пути. Обычно скрипты, которые по ФТП обновляют (тот же phpbb), запрашивают префикс для фтп-пути к www-root у юзера.
В частном случае, когда фтп-досутп идет от корневой ФС, и ПХП тоже работает без чрутов и прочих ограничений - получаем полный путь к файлу через realpath() и отдаем его ФТП.
