flat>>>nested
если ну совсем-совсем нужно сделать вложенность, то можно разделить большой файл на файлики и положить их в папку с названием директории и добавить пустой __init__.py
project
|- app1
< вот такой фигни нет >
|- services
|- foo.py
|- bar
|- qwe.py
</ вот такой фигни нет >
< для такой фигни есть commands >
|-management
|-commands
|-__init__.py
|-my_command.py
</ для такой фигни есть commands >
|- models.py
|- views.py
|- tests
|-__init__.py
|- test_models.py
|- test_models_supermodel.py
|- test_views.py
|-test_commands_my_command.py
|-hugeapp
.....
|- tests
|-__init__.py
|- test_models <<dir как питоновский пакет
|-__init__.py
|- test_model1.py
....
|- test_model999.py
