Три варианта
1) Меньше использовать инклюдов и реквайов
2) Делать документацию вверху основного файла вида:
/**
* @var $array это переменная из подключаемого файла
*/
Тогда шторм признает ее и не будет подчеркивать
3) отключить уведомления о таких ошибках если есть инклюд или реквай. не рекомендую и показывать как не буду.