Как правильно организовать процесс веб-разработки?

Уважаемое сообщество,
долгое время занимаюсь развитием собственного сайта, написанного на PHP, MySQL. Скрипты редактирую прямо на сервере. Начал понимать что нужно переходить на работу версиями. Пишу скрипты я один, на сервере Linux. Также интересует как правильно переезжать на новую версию скриптов — ведь при работе над ней пользователи могли добавить новые данные в БД, а в новой версии структура БД может быть другой.

Расскажите как правильно организовать разработку PHP скриптов версиями, как правильно переезжать на новую версию без перебоев в работе сервера. Если есть полезные книги по этой теме — также порекомендуйте.