Php код выполнится ещё до того, как пользователь увидит страницу в браузере.
1. Юзер кликает по ссылке
2. Браузер отправляет запрос на сервер
3. На сервере работает серверный код (включая php)
4. Сервер отправляет ответ со страницей
5. Браузер отрисовывает страницу исполняя в процессе этого js скрипты.
6. Юзер что-то там нажимает на странице.
И вот вы захотели после пункта 6 передать переменную в п. 3. Без машины времени у вас это не получится.
Но вы можете после юзерского выбора отправить ещё один запрос!
Обычную отправку
формы, переход по ссылке или
ajax-запрос, например. И при этом обновить всю страницу или её часть.