Не знаю, как там это реализовано, но тебе надо получить список уникальных объектов, которые можно сопоставить с твоими _id, и подать этот список как аргумент random.choices().
Что-нибудь примерно такое:
random_id = random.choices([str(id) for id in my_collection.find().distinct('_id')])