Никак. Питон не является компилируемым языком, он интерпритируемый. Auto-py-to-exe и pyinstaller это packaging, а он является очень глубокой ямой, выход из которой искать не целесообразно.
Если вы хотите получить на выходе скомпилированное приложение, то питон вам не подходит (ну или по крайней мере CPython).
