Как организовать файлы, когда есть публичная часть и админка?
Правильно ли я думаю, если считаю, что лучшим решением будет разделить максимально зоны ответственности и в определенной степени продублировать код? Или я заблуждаюсь?
Можно и так. В итоге получите 2 приложения.
Я бы не заморачивался на счет дублирования. Мало ли что там дальше придумаете. Если начнете скрещивать. то потом будет больно дорабатывать.