Заметил такую штуку, на некоторых серверах ZipArchive->addFile отправляет искомый файл на добавление в архив в фон, а не делает это в реальном времени, в соответствии с этим когда я делаю ZipArchive->close по факту он его не закрывает а пишет в него еще какое то время.
ZipArchive::close
Close opened or created archive and save changes.
Все изменения в архиве сохраняются только после вызова метода close(). Если вы его не вызвали явно, то он автоматически вызывается после окончания выполнения скрипта.
