В файлы тем выносится все, что различается между темами. Для каждой темы конечно же может быть и несколько файлов, тут уже все зависит от того, как вам удобнее будет работать, если например стилей темы очень много, или же они относятся к разным разделам сайта, т.е. например что-то общее для всего сайта, а что-то раздельное. Вариантов масса и надо исходить из того, что в принципе попадает под тематизацию. Ведь туда могут попасть не только цвета/шрифты, но и расположение элементов, выравнивания и т.д.
Обычно темы это только цвета (например пользовательские настройки), реже изменение шрифтов (например версия для плоховидящих), и еще реже позиционирование и размеры элементов, там уже зачастую решается не только стилями, но и шаблонами страниц, потому что бывает что сложно сделать единую верстку и располагать элементы по разному исключительно стилями.
Так что тут нет такого понятия "правильно", сие индивидуально для каждого сайта и задачи.
