.item:first-child {
grid-row-start: 1;
grid-row-end: 2; // А у вас 3. Если первый элемент занимает 2 строки, то как третьему элементу занять его место? А высоту Вы зафиксировали.
grid-column-start: 1;
grid-column-end: 3;
}
godsplane, Ну так Вы же высоту элементам ограничили(о чём я написал в ответе в самом конце комментария). Как элемент растянется на 400px, если вы задали 200? Отсюда и пустота. По сетке он на 2 строки, а по высоте на одну.