Вопрос: если программа будет обращаться к SQL серверу по SQL запросам, то это какая архитектура ПО будет?
Это будет клиент-серверная архитектура.
Какую лучше и проще, в плане реализации, архитектуру выбрать двухзвенную или трехзвенную?
Лучше взять трёхзвенную (с БД, сервером, и клиентом) - это безопаснее и проще в поддержке.
Кода придётся написать больше.
Клиента можно легко сделать в виде веб-приложения - мне кажется, это легче, чем работать с десктопом.