mkone112 они вам сильно мешают? Мне нет)
А вот еще, давайте подумаем, вот тут Вы не хотите добавлять логику в __init__, а в другом месте захотите добавить, и что тогда?
Полностью согласен с
Руслан Гильфанов, сам так делаю. Если не определить apps.py внутри приложения, то банально даже сигналы не объявить. Поэтому для меня файл __init__.py с подобным содержанием шаблон по умолчанию.