Есть как минимум три пути решения данной проблемы.
1. В библиотеке discord.js существуют
коллекторы сообщений.
Вы можете создать экземпляр такого коллектора и отлавливать все настройки для вашего embed. Получится эдакий ввод из нескольких сообщений.
2. Если принципиальная реализация в виде нескольких команд - вам нужно сохранять где-то промежуточное состояние вашего embed - сохранить в файл, создать хранилище(массив например, где будет храниться user и настройки его embed), или использовать другие сервисы - базы данных, хранилища, у всего есть свои минусы и плюсы.
3. Также отправлять конфигурацию вашего embed в виде токена самому пользователю - т.е. сохранить все свойства embed в объект, сериализовать его, например, с помощью JSON.stringfy и перевести его в base64 для пущего эффекта магии и чтобы с парсингом его потом не было проблем. Дальше пользователь вводит команду (например) configureEmbed <свой_токен> <настройка> <значение настройки>.