Разобрался, поставил обработчик на событие
AddEventHandler("catalog", "OnSuccessCatalogImportHL", "SuccessCatalogImportHLHandler");
function SuccessCatalogImportHLHandler($settings, $file)
А в 1С отметил галочкой выгрузку файлов обмена на сайт. В итоге, получилось так, что обмен выгружает файл, в обработчике событий идет парсинг файла обмена и обновление нужных элементов HL-блока