Значит насколько я понимаю ты хочешь вводить
https://site.ru:8080
1. создай на сервере нужный тебе сайт
2. создай сертификат.
3. замени путь к этому сертификату в дефолтном кннфиге для 8080
собственно все.
В результате сам сайт будет получать LE сертификат
а ты его будешь использовать на 8080 порту
/etc/apache2/sites-enabled/000-ispconfig.vhost
SSLEngine On
SSLProtocol All -SSLv3
# SSLCertificateFile /usr/local/ispconfig/interface/ssl/ispserver.crt
# SSLCertificateKeyFile /usr/local/ispconfig/interface/ssl/ispserver.key
# SSLCACertificateFile /usr/local/ispconfig/interface/ssl/ispserver.bundle
SSLCertificateFile /var/www/clients/client1/web3/ssl/ks03.ru-le.crt
SSLCertificateKeyFile /var/www/clients/client1/web3/ssl/ks03.ru-le.key
SSLCertificateChainFile /var/www/clients/client1/web3/ssl/ks03.ru-le.bundle
Естественно это должен желательно быть домен самого сервера, поскольку LE сертификат выдается на домен, и естественно будет работать от названия этого домена, при остальных доменах он так же будет выдавать ошибку.
Если тебе нужно чтоб это работало и на них.
то добавляй кусок конфига в каждый сайт с 8080 портом.
ну и дефолтный конфиг убрать