Правильно нормализуйте базу данных, а следом за ней и управление файлами:
1) таблица users, таблица files с привязкой к юзеру, в files - id, user_id, original_name, extension(необязательно), abs_path. Имя файла нужно хранить по какому-то правилу, чтобы не было конфликтов.
2) На стороне приложения нужно иметь экшены CRUD файла (read на свойства файла в таблице и отдельно read как просмотр файла или отдача на скачивание).
3) Не нужно удалять все файлы, нужно на фронтенде выводить элементы управления на все файлы пользователя, которые будут вызывать экшены удаления файлов (условно список кнопок, нажатие которых вызывает экшен удаления конкретного файла).
Часть из это у Вас уже есть, просто действительно сумбурно написано, надо отрефакторить так чтобы каждая вещь отвечала за свою логику, а не вперемешку, как сейчас