Товаров в магазине около 2000, но ID последнего около 51000. Каким образом назначаются ID товаров и можно ли их редактировать? Догадка одна - большое количество категорий и CMS резервирует ID под каждую категорию.
id товара - это id записи в таблице wp_posts. Это поле типа автоинкремент, т.е. само увеличивается на 1-цу каждый раз когда добавляется новая запись.
Редактировать их нельзя. Для идентификации используйте поле "артикул". В него можно записать любую текстовую строку и Woo программно поддерживает уникальность этого поля.