Посмотрите, как делают, к примеру, в wordpress:
https://github.com/WordPress/WordPress/blob/master...
Один скрипт, у которого несколько шагов (передается как параметр step в url). После обработки данных (сохранение доступов к бд, выполнение запросов к бд) на каждом шаге пользователь перенаправляется на следующий шаг до завершения процесса установки.
Шаги задаются в зависимости от того, какие исходные данные необходимы для работы вашего скрипта. Это могут быть, к примеру, проверка системных требований (версия php, включенные модули и т.д.), доступы к базе данных, пользователь по умолчанию и т.д..
