Вот пример:
jsfiddle.net/kityan/3LGYZ
Углы поворота: 0 -100 400.
Firefox и IE ведут себя одинаково: поворот против часовой на -100 и затем в положение 40 по часовой.
Несмотря на то, что 400 включает полный оборот, этого не происходит.
Chrome делает полный оборот как надо!
Разница, видимо, в двух вещах: от какого положения они считают матрицу трансформации - это применительно к самой трансформации. А еще и в самой анимации - учитывать ли при вращении полные обороты или нет... Или дело только в анимации?
Это как-то можно привести к кроссбраузерному виду средствами CSS3?
P.S. И вопрос вдогонку: почему без перезагрузки второй раз анимацию применить нельзя?