Судя по
PEP 399, модули с префиксом написаны на C (ну или просто являются "ускоренными" вариантами, написанными на языке, отличном от Python).
Что касается модулей не из стандартных библиотек, префикс может иметь смысл такой же как и везде в Python - означать, что данная библиотека не должна импортироваться напрямую, т.е. является приватной.