Если проблема в том что бот отсылает на api телеграмма больше 30 обращений в секунду:
Храни время последнего обращения пользователя и при новом обращении проверяй разницу между текущим временем и временем последнего обращения, если она меньше лимита то просто игнорируй данное сообщение.
Пример реализации антифлуда через декоратор можно подсмотреть у
aiogram
Так же подобная ошибка бывает при быстром снятии-постановки вебхука, когда вы по совету какого нить гайда при каждом запуске бота заново вешаете вебхук а перед этим снимаете его на всякий случай. Если так то между этими действиями надо поставить задержку.
