$number = '123,12123';
$number = str_replace(',', '.', $number);
$number = number_format($number, 2, '.', '');
Но имейте в виду, что number_format будет округлять число. Если Вам это не подойдёт, то нужно будет вручную обрезать (всё, что после запятой, через explode значения). Если у значения после точки будет 1 цифра, а не 2, то просто доставьте 0 вручную.