Области должны совпадать\пересекаться. Если между пунктом и выпадаюшим меню есть воздух, то ты снимаешь событие наведения.
Конкретнее — сделай первый уровень навигации в 100% высоты шапки, а менюшку позиционируй не от пункта меню, от родителя (им должна стать шапка, чтобы ты смог сделать выпадашку на 100% ширины и с точным позиционированием, не прибегая к JS).